牛奶蛋白引起的过敏症状是一种变态反应，它首先发生于皮肤、接着是胃肠道、呼吸道，而乳糖不耐症是因机体缺乏乳糖酶引起的，它主要表现为上腹部紧张、疼痛、呕吐、腹泻等胃肠道症状。一般来说，人类胃肠中的乳糖酶在婴儿期后慢慢消失并因此不能消化乳糖。而有些婴幼儿失去乳糖酶的时间比正常宝宝早。牛奶、羊奶和母乳的基本糖份都是乳糖，这些婴幼儿由于不能消化乳糖就会产生和牛奶过敏的婴儿类似的胃肠道反应，要注意结合其它症状鉴别。对于乳糖不耐受的婴儿，使用大豆为基础的配方奶粉即可解决问题，这些奶用葡萄糖代替了乳糖，但它的营养成分有所欠缺。
另外，还有一种低过敏性蛋白水解配方奶粉，它不仅可对付牛奶蛋白过敏，还可对付植物蛋白引起的过敏。它的原理是将蛋白质的分子结构变小，使之易于消化，但这必须在医生指导下食用。
