人禽流感的诊断主要依靠流行病学与临床表现，确诊有赖于病毒分离、病毒抗原与血清抗体检测。
流行病学史
包括是否到过疫区，或与家禽有密切接触，或与禽流感患者有密切接触史。1周内出现流感样临床表现并出现持续高热(> 39℃)者应警惕禽流感。
病毒分离、病毒抗原与血清抗体检测
患者甲型流感病毒和H5 亚型特异性单克隆抗体直接免疫荧光法阳性，患者呼吸道标本(鼻咽或气管吸出物)酶联免疫法检测阳性者， 应当可以列为疑似病例。患者呼吸道标本(咽拭子、鼻咽或气管吸出物、痰或肺组织) 分离出流感病毒A(H5N1)，或血清微量中和试验检测流感病毒A (H5N1)抗体阳性。或者可以采用流感病毒A (H5N1)特异性血凝素基因反转录PCR 检测呼吸道标本阳性确诊。
