孕妇弓形虫病可威胁胎儿。主要由血行播散而导致流产、早产、死胎及胎儿感染等。孕妇感染时的孕龄越大则越易传染给胎儿。如果在孕早期受感染，因弓形虫难以通过胎盘，所以仅有15%的新生儿会出现先天感染，但由于这时胎儿抵抗力差，基本上都是致命性的，多表现为流产或胚胎停 止发育。孕中期感染，25%左右的新生儿会受到感染，多表现为妊娠晚期流产或胎死宫内，成活胎儿多伴有先天性出生缺陷。孕晚期感染，胎儿受累的危险高达60%，表现为胎死宫内、早产。侥幸存活的胎儿，绝大多数伴有严重的神经系统障碍和其他出生缺陷。
胎儿宫内感染后的畸形多种多样，最多见于神经系统和眼部。典型表现是Subin's四联症，包括脑积水或小头畸形、视网膜脉络炎、惊厥和脑钙化。感染还可引起多器官坏死性损害，如肝脾大、黄疸、淋巴腺病、心肌炎、贫血、血小板减少和小眼畸形等。由于严重的脑膜炎及脑皮质浅层进行性钙化，以致到儿童期才引起脑积水、智力发育受限和癫痫。在美国约占智力发育迟缓原因的2%。
