果汁当中含有丰富的维生素(特别是水溶性维生素)，以及部分常量和微量元素，且口感好，易于饮用，是老少咸宜的饮品，适量饮用(每周不超过3次，每次不超过150毫升)无可厚非。但若过量饮用，就会对健康造成一定的“负面影响”。
1.饮用果汁过多，可能冲淡胃酸，长期大量饮用，可能导致部分人群，特别是婴幼儿和老年人，出现胃肠不适的症状，减弱消化和吸收能力。有调查显示，每天饮用200毫升以上果汁的儿童中，许多人的身高、体重不但没有增加，反而比其他同龄人偏低。这是因为果汁饮料中含有过量果糖、山梨酸等难以消化的成分，孩子长期摄入过多，容易慢性腹泻，造成营养流失，影响孩子的生长发育。
2.果汁在制备过程中，损失了一些营养素，特别是膳食纤维。而水果和部分蔬菜中富含的膳食纤维，对于预防和减少多种疾病，特别是防治胃肠系统病变很有好处。每天大量饮用果汁，并以果汁替代蔬菜和水果，可能造成人体缺乏膳食纤维。
3.果汁饮料是典型的酸性食品，其酸性的代谢产物在体内蓄积过多会导致所谓的“酸性体质”。部分果汁中含有较多的糖分，长期大量饮用容易导致能量摄入超标。此外，果汁饮料中的糖分吸收速率要远远快于固体食物中等量的糖分，糖尿病或糖耐量低减的人，大量饮用后会增加血糖波动的风险。
4.果汁和“果味饮料”中的人工色素对人体有一定负面影响。例如，可引起多种过敏反应，如哮喘、鼻炎、荨麻疹、皮肤瘙痒、神经性头痛等。对于儿童，人工色素还易沉淀于未发育成熟的消化道黏膜上，干扰多种酶的功能，会使食欲下降、消化不良。
